Bataille de Marathon
Toute l'année 491 av. J.-C. est consacrée aux préparatifs militaires et diplomatiques de cette offensive. De nombreuses cités grecques reçoivent des ambassadeurs demandant leur soumission. Certaines s'exécutent, mais Athènes comme Sparte refusent et mettent à mort (selon Hérodote) les ambassadeurs perses, sans toutefois prendre de véritables mesures pour devancer la future offensive.
L'armée perse, dirigée par les généraux Artapherne (armée de terre) un neveu de Darius et Datis (flotte), traverse cette fois directement la mer Égée, droit sur l'Eubée et l'Attique, après cependant avoir pris au passage le contrôle de Naxos et Délos (490). Il y a de 100 000 à 200 000 soldats perses selon les versions, mais les Historiens contemporains estiment que le chiffre réel est compris entre 25 000 et 50 000, ce qui est déjà considérable pour l'époque. Au total la flotte perse représente sans doute 600 trières. Elle atteint la pointe méridionale de l'Eubée, ravage Carystos, qui refusait d'ouvrir ses portes, puis Érétrie, abandonnée par ses alliés athéniens, détruite et dont la population est déportée à Ardéricca près de Suse, marquant ainsi la première étape de la vengeance du Grand Roi.
L'armée perse débarque, sur les conseils d'Hippias, l'ancien tyran d'Athènes, début septembre 490 sur la plage de 4 kilomètres environ qui borde la plaine de Marathon à quarante kilomètres d'Athènes. Les Athéniens n'attendent pas l'ennemi derrière leurs remparts mais conduits par le stratège Miltiade, les hoplites athéniens et platéens, environ 10 000 hommes, se rendent à la rencontre des Perses. Le 13 septembre les Perses décident d'attaquer Athènes par terre et par mer. Une partie des troupes perses, y compris la cavalerie, rembarque, avec pour objectif de débarquer à Phalère afin d'atteindre rapidement l'Acropole. Les troupes restantes, à peu près 21 000 soldats, franchissent alors le Charadra, le petit ruisseau qui traverse la plaine de Marathon avant de se perdre dans des marais littoraux, afin d'empêcher le retour des troupes athéniennes vers la cité.
Celles-ci, avec leurs alliés de la cité de Platées, occupent deux petites hauteurs, le Pentélique et le Parnès et attendent les renforts promis par Sparte, renforts qui tardent. Devant l'évolution de la situation, les Athéniens n'ont plus le choix : il faut battre les Perses dans la plaine de Marathon puis devancer les navires ennemis et gagner Athènes pour la protéger. Miltiade, l'un des dix stratèges athéniens connaît la faiblesse de l'armée perse pour avoir combattu avec eux lors de l'offensive contre les Scythes. En effet cette armée est composée de soldats d'origines différentes, ne parlant pas les mêmes dialectes et n'ayant pas l'habitude de combattre ensemble. De plus l'armement perse, avec des boucliers en osier et des piques courtes, ne permet pas les combats au corps à corps.